En Star Wars: La Amenaza Fantasma el planeta Naboo fue ocupado por la Federación de Comercio Galáctica. Dos hombres Jedi fueron enviados para intervenir en el conflicto, pero se dan cuenta que todo es una trampa preparada nada más y nada menos que por Darth Sidious (Ian McDiarmid) con el objetivo de desacreditar a la República de los Planetas. Estos dos hombres rescatan a la reina Padmé Amidala (Natalie Portman) y se detienen en el planeta Tatooine para reparar su nave que se dañó después de haber escapado del Planeta Naboo. Se encuentran con Anakin Skywalker (Jake Lloyd), un joven que decide ayudarlos en su misión. Qui-Gon y Obi-Wan lo llevan al joven a la Capital de la República "El Planeta Coruscant" para enseñarle las técnicas Jedi. Pero el planeta Naboo debe ser liberado de la Federación.